MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV2

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013965	TCG	2	6	115	120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_013965	TCGC	2	8	176	183	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_013965	CCTG	2	8	196	203	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_013965	CGG	2	6	235	240	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_013965	AT	3	6	343	348	50 %	50 %	0 %	0 %	292494316
6	NC_013965	GCG	2	6	388	393	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292494316
7	NC_013965	GGT	2	6	451	456	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292494316
8	NC_013965	TC	3	6	469	474	0 %	50 %	0 %	50 %	292494316
9	NC_013965	TAA	2	6	488	493	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292494316
10	NC_013965	ACG	2	6	528	533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_013965	CGG	2	6	598	603	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013965	ACG	2	6	720	725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494317
13	NC_013965	GAAGC	2	10	743	752	40 %	0 %	40 %	20 %	292494317
14	NC_013965	CGA	2	6	830	835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494317
15	NC_013965	AG	3	6	839	844	50 %	0 %	50 %	0 %	292494317
16	NC_013965	GCG	2	6	876	881	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292494317
17	NC_013965	ACG	2	6	962	967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494317
18	NC_013965	GA	3	6	981	986	50 %	0 %	50 %	0 %	292494317
19	NC_013965	ATG	2	6	1030	1035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292494317
20	NC_013965	AG	3	6	1143	1148	50 %	0 %	50 %	0 %	292494317
21	NC_013965	CGA	2	6	1166	1171	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494317
22	NC_013965	TGG	2	6	1220	1225	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292494317
23	NC_013965	ACT	2	6	1255	1260	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292494317
24	NC_013965	ACG	2	6	1326	1331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494317
25	NC_013965	TCG	2	6	1333	1338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292494317
26	NC_013965	GACG	2	8	1349	1356	25 %	0 %	50 %	25 %	292494317
27	NC_013965	TCAG	2	8	1435	1442	25 %	25 %	25 %	25 %	292494317
28	NC_013965	GCG	2	6	1463	1468	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292494317
29	NC_013965	GAA	2	6	1566	1571	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292494317
30	NC_013965	AAAGAG	2	12	1578	1589	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292494317
31	NC_013965	AAACC	2	10	1629	1638	60 %	0 %	0 %	40 %	292494317
32	NC_013965	GAGG	3	12	1672	1683	25 %	0 %	75 %	0 %	292494317
33	NC_013965	ACC	2	6	1687	1692	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292494317
34	NC_013965	GACC	2	8	1693	1700	25 %	0 %	25 %	50 %	292494317
35	NC_013965	CGA	2	6	1717	1722	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494317
36	NC_013965	CGGA	2	8	1726	1733	25 %	0 %	50 %	25 %	292494317
37	NC_013965	GCG	2	6	1794	1799	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292494317
38	NC_013965	CCG	2	6	1806	1811	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292494317
39	NC_013965	TCG	2	6	1903	1908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292494317
40	NC_013965	TGA	2	6	1945	1950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292494317
41	NC_013965	ACGT	2	8	2040	2047	25 %	25 %	25 %	25 %	292494317
42	NC_013965	GGT	2	6	2068	2073	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292494317
43	NC_013965	CGG	2	6	2092	2097	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292494317
44	NC_013965	GA	3	6	2126	2131	50 %	0 %	50 %	0 %	292494317
45	NC_013965	CGT	2	6	2270	2275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292494317
46	NC_013965	GGA	2	6	2324	2329	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292494317
47	NC_013965	GTT	2	6	2339	2344	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292494317
48	NC_013965	ACG	2	6	2349	2354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494317
49	NC_013965	GAA	2	6	2360	2365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292494317
50	NC_013965	GCG	2	6	2376	2381	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292494317
51	NC_013965	TGT	2	6	2410	2415	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292494317
52	NC_013965	CGAGA	2	10	2424	2433	40 %	0 %	40 %	20 %	292494317
53	NC_013965	GTC	2	6	2457	2462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292494317
54	NC_013965	GGT	2	6	2504	2509	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292494317
55	NC_013965	AGA	2	6	2552	2557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292494317
56	NC_013965	GTC	2	6	2622	2627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292494317
57	NC_013965	CGACG	2	10	2687	2696	20 %	0 %	40 %	40 %	292494317
58	NC_013965	ACG	2	6	2740	2745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494317
59	NC_013965	AAG	2	6	2776	2781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292494317
60	NC_013965	GA	4	8	2789	2796	50 %	0 %	50 %	0 %	292494317
61	NC_013965	GAT	2	6	2879	2884	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292494317
62	NC_013965	CGA	2	6	2899	2904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494317
63	NC_013965	CGA	2	6	3002	3007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494317
64	NC_013965	TTC	2	6	3070	3075	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292494317
65	NC_013965	TGA	2	6	3137	3142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292494317
66	NC_013965	GAG	2	6	3150	3155	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292494317
67	NC_013965	GAA	2	6	3267	3272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292494317
68	NC_013965	CGAGA	2	10	3273	3282	40 %	0 %	40 %	20 %	292494317
69	NC_013965	TC	3	6	3415	3420	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013965	CGA	2	6	3451	3456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_013965	ACA	2	6	3483	3488	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_013965	C	6	6	3490	3495	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
73	NC_013965	AGT	2	6	3544	3549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292494318
74	NC_013965	CGGT	2	8	3561	3568	0 %	25 %	50 %	25 %	292494318
75	NC_013965	AGT	2	6	3664	3669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292494318
76	NC_013965	GAA	2	6	3675	3680	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292494318
77	NC_013965	GGA	2	6	3693	3698	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292494318
78	NC_013965	CGA	2	6	3819	3824	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494318
79	NC_013965	GA	3	6	3902	3907	50 %	0 %	50 %	0 %	292494318
80	NC_013965	GAA	2	6	3973	3978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292494318
81	NC_013965	CGTC	2	8	3983	3990	0 %	25 %	25 %	50 %	292494318
82	NC_013965	GTCG	2	8	4042	4049	0 %	25 %	50 %	25 %	292494318
83	NC_013965	TCT	2	6	4117	4122	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_013965	AGT	2	6	4214	4219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013965	GAA	2	6	4252	4257	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013965	GTGA	2	8	4277	4284	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013965	TACG	2	8	4344	4351	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_013965	GCG	2	6	4364	4369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_013965	GAA	2	6	4380	4385	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013965	GC	4	8	4437	4444	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_013965	ACT	2	6	4456	4461	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_013965	CA	3	6	4522	4527	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_013965	GTC	2	6	4607	4612	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_013965	CGT	2	6	4624	4629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_013965	GAT	3	9	4637	4645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013965	ACC	2	6	4727	4732	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_013965	CGGG	2	8	4835	4842	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
98	NC_013965	CGG	2	6	4959	4964	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292494319
99	NC_013965	GA	3	6	4992	4997	50 %	0 %	50 %	0 %	292494319
100	NC_013965	TCG	2	6	5002	5007	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292494319
101	NC_013965	ACG	2	6	5059	5064	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494319
102	NC_013965	GTC	2	6	5066	5071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292494319
103	NC_013965	ACG	2	6	5109	5114	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494319
104	NC_013965	GA	3	6	5122	5127	50 %	0 %	50 %	0 %	292494319
105	NC_013965	TC	3	6	5218	5223	0 %	50 %	0 %	50 %	292494319
106	NC_013965	GA	3	6	5247	5252	50 %	0 %	50 %	0 %	292494319
107	NC_013965	CGG	2	6	5271	5276	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292494319
108	NC_013965	GCGA	2	8	5442	5449	25 %	0 %	50 %	25 %	292494319
109	NC_013965	GTGG	2	8	5454	5461	0 %	25 %	75 %	0 %	292494319
110	NC_013965	GAC	2	6	5475	5480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494319
111	NC_013965	CGA	2	6	5483	5488	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494320
112	NC_013965	CAAC	2	8	5497	5504	50 %	0 %	0 %	50 %	292494320
113	NC_013965	TAC	2	6	5550	5555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292494320
114	NC_013965	CGA	2	6	5615	5620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292494320
115	NC_013965	GT	4	8	5673	5680	0 %	50 %	50 %	0 %	292494320
116	NC_013965	CGC	2	6	5689	5694	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292494320
117	NC_013965	AC	3	6	5756	5761	50 %	0 %	0 %	50 %	292494320
118	NC_013965	GAG	2	6	5823	5828	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292494320
119	NC_013965	CGG	2	6	5861	5866	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292494320
120	NC_013965	ATGG	2	8	5873	5880	25 %	25 %	50 %	0 %	292494320
121	NC_013965	ATT	2	6	5884	5889	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292494320
122	NC_013965	GTC	2	6	5975	5980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_013965	GA	3	6	5993	5998	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013965	ACG	2	6	6014	6019	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_013965	C	6	6	6027	6032	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
126	NC_013965	TCG	2	6	6042	6047	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_013965	CTT	2	6	6112	6117	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_013965	AGT	2	6	6171	6176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013965	TCG	2	6	6225	6230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_013965	ACCTCG	2	12	6255	6266	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
131	NC_013965	CCT	2	6	6268	6273	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.